Presentamos una síntesis del programa de investigación de largo plazo (iniciado en 2004) denominado Manejo de Bosques Tropicales (MABOTRO), llevado a cabo por académicos de once instituciones y más de 50 estudiantes de licenciatura y posgrado. Se construyó un marco metodológico para la generación de co-nocimientos que coadyuve a la preservación de selvas, a la restauración de campos degradados y al uso de selvas secundarias, todo ello en el contexto de la con-servación de la biodiversidad y el mantenimiento de servicios ecosistémicos en paisajes agropecuarios. El programa incluye módulos de investigación ecológica y social efectuados en dos localidades contrastantes: la región de Chamela (selva seca), en la costa del Pacífico de Jalisco, y la región Lacandona (selva húmeda), al este de Chiapas; ambas regiones han sido ocupadas por comunidades ejidales desde hace poco más de cuatro décadas. Nuestros resultados (38 artículos y 54 tesis) indican que el manejo sostenible de sel-vas requiere: mantenimiento de grandes remanentes de selvas interconectados, conservación de la fauna, usos agrícolas de bajo impacto y reducida extensión, periodos agrícolas cortos intercalados con tiempos de regeneración prolongados, restauración y enriqueci-miento de selvas secundarias con especies nativas de valor biológico y/o social, así como alicientes socio-económicos a los pobladores locales que promuevan la conservación de selvas en sus tierras. Enfatizamos que el manejo sostenible de selvas debe surgir de acuerdos comunes y del trabajo participativo entre propietarios de la tierra, instituciones de gobierno, organizaciones no gubernamentales y académicos.